Mutant Chronicles menceritakan misi Mitch (Thomas Jane, "Punisher") dan Samuel (Ron Perlman, "Hellboy") dalam bertualang ke dalam kegelapan yang paling dalam untuk menyelamatkan planetnya dari serbuan gerombolan mutants: mutant mayat hidup yang suka bersembunyi, dengan pedang yang tumbuh dari tulang lengan mereka. Mutant-mutant tersebut bertambah menjadi jutaan dan menghancurkan apapun yang ada di sekitar mereka.