Mutant Chronicles menceritakan misi Mitch (Thomas Jane, "Punisher") dan Samuel (Ron Perlman, "Hellboy") dalam bertualang ke dalam kegelapan yang paling dalam untuk menyelamatkan planetnya dari serbuan gerombolan mutants: mutant mayat hidup yang suka bersembunyi, dengan pedang yang tumbuh dari tulang lengan mereka. Mutant-mutant tersebut bertambah menjadi jutaan dan menghancurkan apapun yang ada di sekitar mereka.

Diangkat dari kisah nyata, seorang militer, Kolonel Claus von Stauffenberg (Tom Cruise), perwira yang setia melayani negerinya disaat ia mengharapkan seseorang menemukan cara menghentikan Hitler sebelum Eropa dan Jerman dihancurkan. Sadar bahwa waktu tidak banyak tersisa, ia memutuskan untuk bergerak sendirian dan bergabung bersama pasukan Jerman. Bersenjatakan sebuah strategi menggunakan strategi milik Hitler – dikenal sebagai Operasi Valkyrie – para perwira ini berencana untuk membunuh diktator dan pemerintahan Nazi dari dalam.

Masa depan dunia dan nasib jutaan rakyat termasuk istri dan anak-anaknya, von Stauffenberg, satu dari berjuta orang yang mencoba melawan Hitler menjadi satu-satunya orang yang harus membunuh Hitler.